|
|
Analýza genomických dat s využitím algoritmu BLAST
Křížová, Martina ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Jaša, Petr (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá analýzou genomických dat s využitím algoritmu BLAST. V teoretické části popisuje genetické informace, jejich význam a strukturu. Dále zde naleznete popis algoritmu BLAST, Smith-Waterman a Needleman-Wunsch a s algoritmem BLAST spojenou Karlin-Altschul statistiku. Tato práce také pojednává o typech databází jako prostorové, deduktivní a relační, které ukládají genomické informace. Druhá část se zabývá návrhem a implementací aplikace, která využívá zmíněné algoritmy a databázi Oracle 10g R2. Součástí práce je i testování či srovnání výstupů algoritmů.
|
|
|
Detekce dynamických síťových aplikací
Burián, Pavel ; Drahošová, Michaela (oponent) ; Kaštil, Jan (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá detekcí dynamických síťových aplikací. Popisuje některé stávající protokoly a způsoby jejich identifikace z IP toků a obsahu paketů. Představuje návrh detekčního systému, založeného na automatické tvorbě regulárních výrazů a popisuje jeho implementaci. Prezentuje vytvořené regulární výrazy pro BitTorrent a eDonkey protokol. Jejich kvalitu srovnává s řešením L7-filteru.
|
|
|
Pokročilé zarovnávání a určování genetické odlišnosti sekvencí DNA
Trněný, Ondřej ; Provazník, Ivo (oponent) ; Valla, Martin (vedoucí práce)
Biologické sekvence se neustále vyvíjejí, dochází u nich k mutacím, delecím a inzercím. Z důvodu potřeby klasifikovat sekvence a stanovit míru jejich podobnosti byly vytvořeny metody pro jejich zarovnání jako jsou bodová matice nebo algoritmy Needleman-Wunsch a Smith-Waterman pro globální a lokální zarovnání. Tyto konzervativní metody jsou však omezeny na předpoklad, že přestože došlo v sekvencích ke změnám, zachovaly si malou vzdálenost mezi podobnými úseky. Proto byly vytvořeny metody pro porovnání bez zarovnání, jako je metoda znaků v sekvenci, Euklidovská vzdálenost nebo Univerzální sekvenční mapy, které se snaží nedostatky metod využívajících zarovnání eliminovat.
|
|
|
Aplikace pro zarovnávání částí DNA
Kašpárek, Tomáš ; Žák, Jakub (oponent) ; Rozman, Jaroslav (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá metodami zarovnání sekvenci DNA se zaměřením na rychlost prováděného úkonu a jeho optimálnost. Výsledkem práce je několik programů, které předvádějí zarovnávací algoritmy a jejich verze programované za použití knihoven OpenCL, které jsou optimalizované na rychlost výpočtu. Text této práce seznamuje čtenáře s problematikou zarovnání DNA a jejím významem v biologii. Dále jsou zde prezentovány algoritmy pro zarovnání DNA a možnosti jejich paralelizace za použití knihoven pro paralelní zpracování dat jako jsou CUDA či OpenCL.
|
|
|
Implementace algoritmu pro hledání podobností DNA řetězců v FPGA
Pařenica, Martin ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Fučík, Otto (vedoucí práce)
Tato práce popisuje způsoby porovnání nukleotidových řetězců s využitím párového a vícenásobného porovnání. V práci jsou popsány algoritmy párového porovnávání pro hledání nad daty v databázích a nebo algoritmy využívající dynamické programování. Dále jsou popsány způsoby vícenásobného porovnání. Mezi základními algoritmy je uvedeno dynamickým programováním a nebo algoritmy, které s využitím určité míry nepřesnosti postupně sestavují porovnání. Teoretickou část práce uzavírá popis technologie FPGA. Další část práce, praktická část, je věnována implementaci jednoho z vícenásobných algoritmů. Závěrečná část shrnuje vlastnosti vybraného algoritmu.
|
|
|
Recegnition of Repeating SMS Patterns
Kočalka, Jakub ; Češka, Milan (oponent) ; Holík, Lukáš (vedoucí práce)
With the advances in e-mail spam recognition and user awareness, spammers are moving towards less researched media. One of those is the short messaging system (SMS), which boasts high availability and open rates. Those characteristics are also attractive to legitimate businesses that need to send short, bulk messages to their clients. However, while these messages might be solicited by the end-user, they might represent a loss for the SMS service provider, as these businesses often misuse unlimited SMS plans meant for regular customers to avoid paying for more expensive solutions designated for them. It is therefore desirable to be able to recognize both unsolicited and solicited bulk messages. Bulk messages are generally generated from a template. The goal of this work is to design a clustering algorithm that treats a message as a sequence of lexical units (words), and evaluate it's effectiveness compared to a locality sensitivity hashing method that treats the message as a string of symbols. The work evaluates the suitability of the Smith-Waterman alignment algorithm for this task. The work details why Smith-Waterman (and other local alignment techniques) is unsuitable, and how it can be replaced by Needleman-Wunsch (global alignment) to produce much better results. The resulting algorithm is able to cluster real messages into campaigns satisfactorily, and performs well even in situations where the benchmark locality sensitivity hashing method fragments campaigns.
|
|
|
Hardwarová akcelerace algoritmu pro hledání podobnosti dvou DNA řetězců
Nosek, Ondřej ; Kořenek, Jan (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Metody pro zarovnání různých typů bioinformatických sekvencí jsou klíčovou součástí výzkumu v této oblasti. Úlohy jsou časově velmi náročné, a proto má smysl vytvořit hardwarovou platformu pro urychlení těchto výpoětů. Cílem této práce je navržení obecné architektury založené na FPGA technologii, která dokáže pracovat s několika různými druhy sekvencí. Metody, které bude navržená akcelerační karta používat budou především dynamické algoritmy Needleman-Wunsch a Smith-Waterman.
|
|
|
Recegnition of Repeating SMS Patterns
Kočalka, Jakub ; Češka, Milan (oponent) ; Holík, Lukáš (vedoucí práce)
With the advances in e-mail spam recognition and user awareness, spammers are moving towards less researched media. One of those is the short messaging system (SMS), which boasts high availability and open rates. Those characteristics are also attractive to legitimate businesses that need to send short, bulk messages to their clients. However, while these messages might be solicited by the end-user, they might represent a loss for the SMS service provider, as these businesses often misuse unlimited SMS plans meant for regular customers to avoid paying for more expensive solutions designated for them. It is therefore desirable to be able to recognize both unsolicited and solicited bulk messages. Bulk messages are generally generated from a template. The goal of this work is to design a clustering algorithm that treats a message as a sequence of lexical units (words), and evaluate it's effectiveness compared to a locality sensitivity hashing method that treats the message as a string of symbols. The work evaluates the suitability of the Smith-Waterman alignment algorithm for this task. The work details why Smith-Waterman (and other local alignment techniques) is unsuitable, and how it can be replaced by Needleman-Wunsch (global alignment) to produce much better results. The resulting algorithm is able to cluster real messages into campaigns satisfactorily, and performs well even in situations where the benchmark locality sensitivity hashing method fragments campaigns.
|
|
|
Analýza genomických dat s využitím algoritmu BLAST
Křížová, Martina ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Jaša, Petr (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá analýzou genomických dat s využitím algoritmu BLAST. V teoretické části popisuje genetické informace, jejich význam a strukturu. Dále zde naleznete popis algoritmu BLAST, Smith-Waterman a Needleman-Wunsch a s algoritmem BLAST spojenou Karlin-Altschul statistiku. Tato práce také pojednává o typech databází jako prostorové, deduktivní a relační, které ukládají genomické informace. Druhá část se zabývá návrhem a implementací aplikace, která využívá zmíněné algoritmy a databázi Oracle 10g R2. Součástí práce je i testování či srovnání výstupů algoritmů.
|
|
|
Pokročilé zarovnávání a určování genetické odlišnosti sekvencí DNA
Trněný, Ondřej ; Provazník, Ivo (oponent) ; Valla, Martin (vedoucí práce)
Biologické sekvence se neustále vyvíjejí, dochází u nich k mutacím, delecím a inzercím. Z důvodu potřeby klasifikovat sekvence a stanovit míru jejich podobnosti byly vytvořeny metody pro jejich zarovnání jako jsou bodová matice nebo algoritmy Needleman-Wunsch a Smith-Waterman pro globální a lokální zarovnání. Tyto konzervativní metody jsou však omezeny na předpoklad, že přestože došlo v sekvencích ke změnám, zachovaly si malou vzdálenost mezi podobnými úseky. Proto byly vytvořeny metody pro porovnání bez zarovnání, jako je metoda znaků v sekvenci, Euklidovská vzdálenost nebo Univerzální sekvenční mapy, které se snaží nedostatky metod využívajících zarovnání eliminovat.
|
host ::
RSS.